Infezione da stafilococco epidermis e enterococco.

Ho da mesi problemi al pene, nei momenti di stress emana cattivo odore e si ricopre di una patina bianca. I rapporti sessuali senza preservativo sono impossibili perché la partner lamenta immediatamente bruciore al contatto fra pene e vagina.
Decido di fare le analisi, risultato del tampone uretrale "discreto numero di colonie di stafilococco epidermidis" mentre il tampone balanico ha come risultato "numerose colonie di stafilococco epidermidis e di enterococco". Dall'antibiogramma il medico di base mi ha prescritto homer 875/125 amoxicillina che sto prendendo da due giorni, oggi è il secondo.
La spiegazione che mi sono dato al come ho preso questi batteri sulla superficie è una lacerazione al frenulo mai rimarginata (ora risolta chirurgicamente) che mi ha fatto da ricettacolo durante la pratica di rapporti scoperti anali e vaginali.
Perché vi contatto? Per due motivi, il primo è per chiedervi se questa cura è sufficiente. Dato che il mio problema è principalmente l'esterno del pene che diventa di cattivo odore e bianco, il buon senso mi suggerisce che forse sarebbe meglio una pomata, ma non sono medico quindi chiedo a voi.
Il secondo è che solo dopo aver fatto i tamponi mi è venuto in mente che questi batteri probabilmente potrei averli anche in bocca, la saliva ha anch'essa un cattivo odore e probabilmente con i rapporti orali avuti questo batterio è passato anche in bocca.Ulteriore conferma di questa ipotesi la ho nel fatto che la mia compagna dice che se le pratico sesso orale avverte lo stesso bruciore che avvertirebbe con sesso vaginale. Comunque il medico sembra aver ignorato questa mia affermazione in ritardo, la mia domanda ora è questa, le pasticche che sto assumendo combattono anche i batteri nella bocca? Oppure risolvono solo il problema nel corpo ma dalla bocca io poi mi ricontaminerò e contaminerò continuamente?
Un'ultima domanda, supponendo che io avessi realmente questi batteri o questo batterio nella bocca, ogni volta che mangio e che deglutisco io continuo a "colonizzare" stomaco e intestino? Oppure almeno su questo posso stare tranquillo? Perché il dubbio che mi viene è che in pratica io avendo questa infezione del cavo orale mi stia continuamente prendendo dei probiotici al contrario, quindi non solo posso infettare altri con rapporti orali ma sto anche a contribuire al peggioramento della mia patologia generale.
Accetto qualsiasi consiglio, anche nel caso cosa suggerire e chiedere al mio medico curante.