Escherichia coli e enterococcus faecalis

Salve dottore, scrivo a causa di un problema che mi sta preoccupando.
Ad agosto ho avuto una forte cistite che ho curato con il Monuril. Qualche giorno dopo sono iniziati forti dolori al fianco sinistro e nella parte bassa della schiena. Inizialmente pensavo ad un calcolo renale, ma in ospedale un'ecografia ha rivelato che era della semplice renella, da curare bevendo tanta acqua. A fine agosto tutti i dolori erano passati e non si sono più ripresentati, ma il mio medico mi ha consigliato di effettuare per sicurezza l'esame delle urine, che però per problemi di lavoro, ho potuto fare solo all'inizio di ottobre.
Dall'esame sono risultata positiva all'escherichia coli e all'enterococcus faecalis con una carica batterica pari a 100.000 ufc/ml. Dall'antibiogramma è risultato che l'unico antibiotico efficace era l'Augmentin. L'ho preso per sei giorni e ho finito la terapia martedì scorso, ora sto aspettando che passino dieci giorni per ripetere l'esame.
Il problema è che da ieri mattina ho avuto una lieve fitta all'altezza del rene sinistro e della vescica. Non provo dolore nella minzione e vado in bagno regolarmente, anche se andando in bagno poco fa, ho notato che l'urina aveva un colore giallo scuro con della sabbietta nera all'interno. Inoltre dopo essermi lavata, nell'asciugarmi ho notato che sull'asciugamano restava una leggera sostanza (simile al muco) dal colore rosa molto chiaro (si vedeva appena) e aveva un forte odore di sangue.
La mia domanda, che forse può sembrare un po' sciocca, è: questa sabbietta e questo 'muco' può essere un segno che mi sto liberando dai batteri dopo aver effettuato la cura antibiotica, oppure che non ha funzionato e quindi dovrò ripetere il tutto? Mi hanno detto che questi batteri sono difficili da mandar via, ma mi preoccupa questo dolori improvviso e queste macchie.
Inoltre mi chiedo se, non essendomi curata subito, questi batteri possano aver intaccato anche i reni e quindi il tutto si ricollega alla renella e alla cistite avuta ad agosto. Se dovesse essere così, può bastare un'altra cura antibiotica per guarire? Ringrazio per la disponibilità.