Cistite, infezione alle urine o altro?

Buon pomeriggio,
il mio calvario è iniziato ad agosto 2013, quando mi è venuta una fortissima cistite emorragica, siccome non era la prima volta che mi veniva presi il Ciproxin. Il peggio passò in 3 o 4 giorni, ma il bruciore rimase per due settimane circa e il ciproxin non fece effetto (di solito era efficace).
Circa metà ottobre ritorna la cistite in forma molto più leggera, ma anche in quel caso il Ciproxin non fece effetto.
Inizio dicembre si ripresenta sempre in forma più lieve, allora mi sono decisa ad andare dal ginecologo, durante la visita non ha riscontrato nulla, a parte delle lievi perdite, mi ha fatto il paptest, prescritto l'urincoltura e mi ha fatto un tampone.
Tutto ciò è risultato negativo. Comunque ho eseguito tutta la terapia prescritta dal ginecologo (DuoCist + ovuli vaginali per la flora e in caso di cistite il cistalgan e eventualmente due compresse di aulin al giorno).
Ora, a distanza di un mese, mi si ripresenta la cistite, faccio subito l'urinocoltura (che risulta ancora negativa). A questo punto potrebbe essere un problema dovuto ai reni? Perchè osservando l'urina nella provetta era molto torbida, scura e con dei frustolini (infatti la dottoressa che ha svolto gli esami dell'urinocoltura si è meravigliata del fatto che il risultato non sia stato positivo).
Spero che riusciate a darmi almeno una dritta su cosa devo fare, non so più a chi rivolgermi.
Grazie mille.
Cordiali saluti