Antibiotici per due settimane, troppi?

Salve Dottore, volevo avere un chiarimento sull'uso continuato di antibiotico, mi spiego.
Mio figlio di 2 anni e 4 mesi circa tre settimane fa ebbe una tosse grassa e raffreddore ed è stato curato con aircot e bronchiovales via aerosol, questo per due settimane, alla seconda però il pediatra gli ha segnato anche l'antibiotico augumentin per 7 giorni.
Sembrava ristabilito ma dopo una settimana dalla guarigione ha avuto una ricaduta con tosse sempre grassa, e da circa tre giorni espelle sotto forma di vomito i muchi, soltanto ieriin giornata e nottata ha avuto febbre alta con punte di 39.
Il pediatra ha risegnato aerosol ed un'altra settimana di antibiotico.
Il mio dubbio si pone sulla somministrazione dell'antibiotico per un'altra settimana che si va a somare con l'altro dato due settimane prima, ho paura per un'infiammazione dell'intestino, ci sono già passato anche se in età adulta ed è brutta, figuriamoci a 2 anni. Se non c'è altra strada, si possono limitare i danni predisponendo l'intestino con coperture oppure enterogermina o mi dica lei con quale altro metodo.
Mi scuso per essermi dilungato così, e vi ringrazio in anticipo per la risposta.