Stomatite quali possono essere le cause?

Buonasera, vorrei chiedere un vostro parere riguardo a quello che mi sta succedendo. Due sere fa vado a cenare e improvvisamente sento un dolore terribile al lato della lingua. Mi guardo allo specchio ma non vedo nulla, solo rossore. Pensavo mi stesse venendo un'afta e non ci ho dato peso anche se il dolore era così forte da non riuscire a masticare da quel lato, se il cibo, sia caldo che freddo finiva lì erano dolori forri. Ieri il dolore è aumentato, il rossore si è espanso alla gola e alla mucosa interna della guancia, sempre nello stesso lato dove già mi faceva male la lingua. C'era tanto rossore e non riuscivo più a mangiare dal dolore. Sono stata la sera dalla guardia medica che dopo avermi visitata mi ha diagnosticato una stomatite, secondo lei legata all'apparato intestinale. Io in passato ho sofferto di afte, ma non sono mai stata male così con la bocca così infiammata. La dottoressa mi ha prescritto un colluttorio e dei fermenti. Sono molto preoccupata perché a distanza di quasi 48 ore dall'esordio non vedo miglioramenti e ho fastidio e bruciore anche se non mangio. Quanto può durare una stomatite? Quali altre cause può avere a parte quelle intestinali? Potrebbe avermi fatto male qualche cibo? Ammetto che ultimamente ho mangiato molti pomodori freschi tutti i giorni perché noi lo coltiviamo, non vorrei fossero questi la causa. Vorrei un vostro parere grazie mille.