Come guarire da una pielonefrite

Salve,
Scrivo perché da due settimane soffro di pielonefrite (confermata da analisi urine ed ecografia) iniziatami con un dolore al fianco destro che poi è passato al sinistro e un fastidio nella minzione, avevo lo stimolo ma non facevo pipì.

La situazione è migliorata cona terapia antibiotica: Amoxicillia e clavulanico 825 mg+ 125 mg 4 volte al giorno per 11 giorni.
Alla fine di questi senza smettere di prendere l'antibiotico ho fatto urinocoltura e analisi urine risultate nella norma a differenza delle prime in cui sono stati trovati Leucociti alti, tracce di sangue nelle urine e urinocoltura positiva carica batterica 500.000 con il batterio Escherichia Coli.
Dopo aver smesso l'antibiotico sotto consiglio del medico viste le analisi "pulite", le urine hanno ancora un cattivo odore e il fastidio al fianco destro non è mai cessato (sensazione di calore, gonfiore, la sera diventa più fastidioso).
Mi chiedevo se fosse normale avere fastidi di questo tipo o se sono segni di un'infezione ancora in corso, se ho sbagliato a interrompere la terapia o se ho sbagliato a fare analisi urine e urinocoltura sotto antibiotico.

In attesa di riscontro
Vi ringrazio