Ciclo mestruale molto irregolare

Buongiorno,
sono un ragazzo di 30 anni e volevo esporvi un problema di mia moglie che invece ne ha 28.
Stiamo cercando di avere un figlio ma il ciclo mestruale di mia moglie è fortemente irregolare, vi dico solo che da settembre 2015 ad oggi, ha avuto solamente 9 cicli mestruali, la sua media è di circa 50 giorni, ma per esempio ci sono stati 2 cicli consecutivi in cui il primo è durato 37 gg mentre il secondo addirittura 95!! cercare di programmare un figlio in questo modo diventa praticamente impossibile, per cui volevo richiedervi più che altro un consiglio su come poter fare per risolvere il problema.
Per completezza di informazioni vi dico che abbiamo effettuato una volta un monitoraggio follicolare che ci ha portato poi ad una gravidanza che però si è interrotta già nel corso delle prime 3 settimane. successivamente abbiamo contattato una ginecologa che ha rilevato che non ci sono problemi organici alle ovaie e ci ha fatto contattare un endocrinologo.
quest'ultimo le ha prescritto una cura con balfolic e glucophage (mia moglie ha l'ovaio policistico ed è insulinoresistente) questa cura nei primi 2 mesi ha funzionato portando il ciclo a 29 giorni, ma ora siamo nuovamente a più di 50! le dottoresse non sanno più come aiutarci e ci hanno detto di contattare un centro di fertilità assistita. è davvero l'unica soluzione da adottare? possiamo provare a contattare qualche altro specialista? nel caso in cui la clinica sia l'unica possibilità sapete indicarci una buona struttura?
Aggiungo che anche io ho effettuato uno spermiogramma con spermiocoltura che ha evidenziato un'infezione da escherichia coli attualmente debellata, mentre i valori dello spermiogramma sono nella norma.

grazie in anticipo a quanti risponderanno.