Antibiotico, diarrea

Buongiorno,
sto seguendo una cura con antibiotici per debellare alcuni batteri presenti nelle vie urinarie (10 giorni di Bassado 100 e 12 giorni di Augmentin).
Sono al sesto giorno di Bassado, ma già dopo un paio di giorni dall'assunzione ho iniziato ad avere diversi episodi di diarrea giornaliera, nonostante prenda anche protettore gastrico e fermenti lattici. Ho sofferto in passato di colite aspecifica e colon irritabile.
Sentita la mia gastroenterologa la stessa mi ha detto che con la diarrea l'antibiotico non mi sta facendo effetto quindi devo sospenderlo mentre l'andrologo sostiene che l'antibiotico si assorbe maggiormente dallo stomaco e non dall'intestino quindi devo portare a termine la cura, anche perché altri eventuali antibiotici per curarmi non ce ne sono.
Ora vorrei sapere secondo voi cosa posso fare sospendere l'antibiotico o continuare ed iniziare anche l'augmentin con il rischio di fare 22 giorni di cura inutili e dover ripartire da capo?
Grazie mille per una Vostra gentile risposta.