Diarrea per oltre un mese

Buongiorno, Vi scrivo in quanto non riesco a risolvere il mio problema.

Ho iniziato ad avere la diarrea la sera del 31/07/2016, inizialmente pensavo fosse dovuta a qualcosa che avevo mangiato. Dopo una settimana di diarrea, ho iniziato a prendere dei fermenti lattici ed Imodium, così dopo qualche giorno sono tornato ad avere feci normali. Purtroppo però, dopo due giorni, mi è ritornata la diarrea, con dolori di pancia, principalmente la mattina fino a dopo pranzo, con circa 4/5 scariche giornaliere. In accordo con il medico di base ho iniziato una cura con un "disinfettante intestinale" e fermenti lattici, ma non ho avuto alcun risultato. Così mi sono rivolto ad un gastroenterologo. Ho effettuato analisi del sangue, urine e feci ed ho avuto i seguenti risultati: calprotectina >50 (quindi negativa), parassiti nelle feci negativo. Alcuni valori fuori range nelle analisi del sangue: Leucociti 10,5, Eritrociti 5,44, Piastrine 133, Eusinofili % 0,50, Creatinina 1,4, GFR 59, Birilubina Tot 1,8, Birilubina diretta 0,35, Albumina 66,4, A/G 1,98. Urinocoltura negativa.
Con il gastroenterologo ho iniziato la seguente cura: Flagyl 250 mg - 3 compresse al giorno per 10 giorni, USL II 3 - 1 bustina al giorno per 10 giorni, Spasmex Cp - 1 compressa al giorno per 3 settimane.
Dopo il secondo giorno di cura, sono tornato ad avere feci normali. Poi però, dopo circa 1 settimana, ovvero negli ultimi 2 giorni di antibiotico, è tornata nuovamente la diarrea, prima con feci nere, poi diarrea liquida con diverse scariche giornaliere.
Credo che il prossimo passo sia una colonscopia.
Secondo voi cosa può essere? Secondo il gastroenterologo, prima di iniziare la cura antibiotica mi aveva preannunciato che in caso non fosse andata a buon fine, potremmo provare a risolverlo con una cura di cortisone per 1 mese oppure potrebbe trattarsi di morbo di Khron o comunque di malattie croniche, cosa che mi spaventa tantissimo.