Riposta parziale a ppi

Buongiorno,
vi descrivo brevemente la mia storia per arrivare alla domanda.

Ho 33 anni e sono in sovrappeso, a fine gennaio 2014 in seguito a continua pirosi e dolori di stomaco diffusi che perduravano da inizio mese mi sono sottoposto a gastroscopia con esito Esofagite di grado A.
Eseguito ciclo di pantoprazolo 40mg giorno e riopan all'occorrenza. Risposta positiva al ciclo.
Un secondo ciclo in maggio della medesima terapia. Riposta positiva al ciclo.
Da metà agosto ho avvertito i soliti sintomi di bruciore di stomaco e fastidi correlati. Ripeto ciclo al solito dosaggio. Questa volta la risposta al farmaco non è completa, e a fine ciclo (4 settimane) la sintomatologia non è del tutto passata. A differenza dei 2 precedenti episodi, in questo 3 ho avvertito sintomi extraesofagei, con bruciore forte alla gola, al naso e dispnea.
Il medico di base mi cambia il PPI in esomeprazolo e prescrive un nuovo ciclo (inizio oggi la 4 settimana) e gaviscon prima di andare a dormire. I sintomi extraesofagei descritti sono praticamente passati, ho solamente un fastidio praticamente costante allo stomaco/esofago durante l'atto della respirazione (per capirci, se trattengo il fiato non percepisco alcun fastidio) che mi provoca della tosse e del bruciore sporadico.

Lo specialista sostiene che l'infiammazione non è del tutto passata e che il fastidio che percepisco è dovuto alla distensione dello stomaco durante la respirazione. Consiglia di proseguire con la stessa terapia per altri 2 cicli.

In aggiunta, da una settimana sono seguito da un nutrizionista con lo scopo di ottenere un calo ponderale considerevole.

Domanda: cosa ne pensate? Consigliate di approfondire con altri esami specifici (nuova gastroscopia o oltro) o devo solo attendere che l'infiammazione passi? Può essere che in questo caso il ppi non faccia passare completamente il problema o che richieda diversi mesi?

Grazie.
D.