Antibiotici e feci scure

Salve dottori,
sono reduce da una gastroscopia la quale ha riportato il seguente referto:
ESOFAGO: introduzione facile dello strumento, nulla a carico dell'esofago. Cardias beante per ernia jatale. Esofagite lieve.
STOMACO: pareti elastiche. Mucosa trofica. Lago bianco. Piloro ben transitabile.
DUODENO: ulcere/lesioni superficiali e cicatrice da vecchia ulcera, bulbari.
CONCLUSIONI ENDOSCOPICHE: M.R.G.E. - DUODENITE ULCEROSA.

A seguito mi è stata prescritta la classica triplice terapia per l'eradicazione dell' HP, il quale, secondo il gastroenterologo, è presente al 99%:
PANTOPRAZOLO 40mg : 1cp al mattino per 1 mese (a digiuno)
CONTINUA PANTOPRAZOLO 40 mg: 1 cp a giorni alterni per 6 mesi
GAVISCON ADVANCE SCIROPPO: 1 cucchiaio x 3 volte al giorno (dopo i pasti)
CLARITROMICINA CP 500mg: 1cp x2 DIE x 7gg (a stomaco pieno)
AMOXICILLINA E ACIDO CL. 1gr: 1cp x2 DIE x 7 gg (a stomaco pieno)

-si consiglia ricerca antigene fecale tra 8 mesi-
-controllo endoscopico tra un anno-

Detto ciò io sto seguendo questo schema di assunzione:
mattina: pantopraz. a digiuno, dopo mezz'ora antibiotici e colazione;
pranzo: gaviscon a fine pranzo
sera: antibiotici all'inizio del pasto, gaviscon a fine pasto...gaviscon prima di andare a letto.
Ora, spero che lo schema che seguo sia appropriato visto che la maggior parte delle resistenze batteriche sono dovute alla scarsa compliance.
Avrei però alcune domande da farvi che elenco schematicamente:

- il gaviscon interferisce con l'assorbimento degli antibiotici?
- la bocca amara può essere giustificata dalla loro assunzione? (è comparsa nel momento di assunzione degli antibiotici)
- da quando assumo gli antibiotici (tre giorni), ho notato che le feci sono molto scure.

Aggiungo che circa tre mesi fa ho fatto le analisi del sangue che risultano ok, in particolare l'emocromo è apposto. Vi ringrazio della cortese attenzione. (ho 27 anni)