Bactrim sciroppo doppia dose

Salve dottori sono un ragazzo di 31 anni.
Ho da poco scoperto di avere il citrobacter koseri attraverso la spermiocoltura.
Il mio medico di base mi ha prescritto una cura con il bactrim.
Non riuscendo ad ingoiare le pillole me lo ha prescritto in sciroppo prendendo 2 cucchiai da 5 ml.
Il problema è che mi sta causando un po' di problemi.
Mal di gola, bruciore di stomaco, mal di pancia e nausea.
Sembra di avere muco in gola che non scende.
Dovrei continuare la terapia?
C'è qualcosa di alternativo?
Premetto che lo prendo 2 volte al giorno sempre a stomaco pieno